নাটোর জেলার উল্লেখযোগ্য নদ-নদীগুলোর মধ্যে রয়েছে বড়াল, নারদ নদ, নন্দকুঁজা, মুসাখান, বারনই, গোদাই, খলিসাডাঙ্গা, গুনাই ও আত্রাই। এগুলোর মধ্যে বড়াল ও আত্রাই এবং নাটোর শহরের কেন্দ্র দিয়ে প্রবাহিত নারদ নদ সবচেয়ে বেশি পরিচিত। প্রাকৃতিকভাবে চলনবিলের পানি নিষ্কাশন ও নৌ চলাচলের ক্ষেত্রে এই নদ-নদীগুলো গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে।